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Our new paper “Representation of sex-specific social memory in ventral CA1 neurons” is out today!! Science Magazine Congratulations to Akiyuki Watarai & Kentaro Tao🎉 science.org/doi/10.1126/sc…

🚨 Hot off the press!!! Wanted to share this to celebrate the momentous achievement from the Giunta Lab and for the human centromere / genomics communities as a whole... more posts to come next week but for now, happy Fourth & happy reading ❤️🧬💻 science.org/doi/10.1126/sc…

If something is not a virtual cell, don't call it a virtual cell. A perturbation prediction model is not a virtual cell or an early incarnation of a virtual cell. It's not that difficult really. 3/

"Here we present the first direct evidence that H3K4me3 is not a cause but a consequence of transcriptional activation, functioning as a downstream epigenetic response" biorxiv.org/content/10.110…

Exactly. AI will bring amazing advances in virtually all areas of biology. Eventually. But right now we’re often overfitting. Or using misleading baselines. Or “validating” predictions that we already know to be true. Which feeds more hype, and more bad papers/investments.

ひょんなことから某所でClaude CodeやCursorの使い方のコツを説明した。テキストの原稿をTwitterにも書き残しておきます😇 (すぐ内容古くなりそうだけど笑) ・とにかく計画を立てさせる ・常に拡張思考モードONにする ・Claude Codeだけにこだわらない ・常に最先端のモデルを使う 詳細はスレへ📝

学生さんにおすすめのネットワーキングの場 (1) 各学会の若手の会 同じぐらいのキャリアの学生さんと、その分野の先生と知り合うことができます。旅費の援助、あるところはあります。若手の会の運営をしている学生さんは、将来学会で中心的な役割を担うことが多いよ。

Pythonが流行りだしたのはpandasが登場したからだという印象を持っていた

プログラミングに必要な要素、例えば文字列, 演算, ファイル/ネットワーク I/O, 非同期といった基礎を知った上で AI プログラミングを活用するのは有意義だけど、それらに深く関わる事なく AI プログラミングから初めてしまうのは危険で、これまでそういった情報が無料で得られていた Zenn や GitHub

Our work on "Evaluating the representational power of pre-trained DNA language models for regulatory genomics" led by Amber Tang with help from Nirali Somia & Steven Yu is finally published in Genome Biology! Check it out! genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.11…

Amber Tang Nirali Somia Steven Yu Breaking the constant propagation of pointless gLM benchmarks in the ML field (that are disconnected from how biologists will use them) is what is giving gLMs unwarranted hype. The field must rally around useful applications of gLMs.

*Easter egg alert* NOT in the published paper. We also benchmarked Evo 2 and while it did better than other gLMs (consistent that scale can improve gLMs), it still falls short of a basic CNN trained using one-hot sequences and far short of supervised SOTA x.com/pkoo562/status…

（人材公募）東京大学 大学院新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 超域生命科学分野 教授 jsbi.org/activity/news/…

私が所属する同志社大学 文化情報学部で教授 or 准教授 or 助教（いずれも任期なし）の公募をしております！分野は計算機科学・統計科学・数理科学です。興味がある方は応募をご検討下さい。詳細は下記 JREC-IN にて。 jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDe…