🔥The 9th Round of Easy Loan, Earn $40 Reward is in progress❗️ ⏰ Promotion Period: January 15th - Feburary 15th, 2025 👉 Register now and check more details at gate.io/campaigns/358

Congratulations to the new ELIXIR Compute Platform Lead Juha Törnroos from CSC! ✨

Great work THL CSC using GA4GH and ELIXIR Europe technologies and standards. Service makes data findable according to Open science principles Fairdata.fi while keeping is securely at the hands of the data controller THL Biopankki.

Call for workshops, special interest groups & tutorials is open for #ECCB2022! Don't miss your opportunity to submit! 🏁 Deadline 17 Feb

1/15 Koronapandemia on piinannut maailmaa jo kahden vuoden ajan. Omikron-aallon huippu lähestyy - tässä sarjatweetissä on asiaa suomeksi SARS2-CoV -viruksesta molekyylibiologian tasolla. ELIXIR Europe CSC EMBL-EBI @EuroHPC ELIXIRFinland

2/15 Kuka tahansa voi seurata, mitä avoimesti saatavilla olevasta molekyylibiologisesta viruksista kerätystä molekyylibiologian datasta voi tulkita. veo-europe.eu

3/15 Tämän ja tulevien pandemioiden ehkäisyssä, hoidossa ja hallinnassa on syytä kerätä ja tutkia virusten molekyylibiologian tason dataa. Euroopan tietopankkiin on talletettu jo yli 3.000.000 viruksen perimä. covid19dataportal.org ELIXIR Europe CSC EMBL-EBI @EuroHPC

4/15 Portaalista saa kuvan mitä molekyylibiologista dataa, mm. nukleotidisekvenssejä ja proteiinirakenteita viruksesta tunnetaan. Pyrkiessään kopioimaan itseään virus vaikuttaa isäntäolion biologiaan ja taistelee (ihmisen) immuunijärjestelmän kanssa. CSC ELIXIRFinland

5/15 Immuunipuolustusjärjestelmässä on karkeasti kolme tasoa. Virus läpäisee tarttuessaan limakalvojen pintasolukon. Toinen suojakerros on verenkierron tasolla, elimistön vasta-aineet kehossa vaikuttaville vieraille molekyyleille. Keskushermostolla on vielä oma suojansa.

6/15 Ihmisten ja koronaviruksien vuorovaikutus ja datan analyysi on monimutkaista. Jokainen reagoi ainakin vähän eri tavalla virukseen riippuen mm. iästä, elintavoista ja kehossa jo olevasta infektiotaakasta #infektiotaakka. EMBL-EBI @thl fimm

7/15 Virus muodostaa kiihkeällä tahdilla uusia sukupolvia ja variantteja satunnaisesti, ja näistä varianteista kilpailukykyisimmät selviävät luonnollisen valinnan kautta uusiin virussukupolviin. EMBL-EBI

8/15 Viruksen evoluutiossa erityisesti viruksen tarttumisen kannalta tärkeän pinnan piikkiproteiinin kärjen molekyylirakenteet - toisin sanoen aminohapot, joita perimän nukleotidit koodaavat - muuttuvat kolmiulotteisesti eri varianttien välillä. rcsb pdb 💉🧬💻🔬💊🌱🧠🦠

9/15 Mikäli haluaa molekyylimaailmassa syvemmälle, kansainvälinen proteiinirakennetietopankki tekee koko ajan uusia visualisointeja, joissa havaitut variantit on tulkittu suoraan viruksen proteiinien rakenteisiin. Lähde: cdn.rcsb.org/news/2021/geno…

10/15 Euroopan virusdataportaalissa ei ole ihmisiin suoraan liitettyä dataa, koska #tietosuoja kehittyy vielä. Tavoite on, että Suomi olisi tänä vuonna Ruotsin kanssa vaaditulla tasolla teknologisesti, osana Euroopan laajuista yhteistyötä. ELIXIR Europe CSC @B1MG_Project

11/15 Käytännössä eri maiden tutkijat julkaisevat omat datansa avoimesti tilastollisten analyysien muodossa. Näistä muodostetaan yleiskuvaa, minkälaiset perinnölliset piirteet ihmisessä altistavat koronavirusinfektion aiheuttamille taudeille. covid19hg.org FIMM HelsinkiUni

12/15 Euroopan tasolla epidemiologit tekevät tutkimuksen ja COVID-19 -portaalin molekyylibiologisen datan perusteella "Emerging Virus" kuukausiraportteja. veo-europe.eu

13/15 Yksilöllisiä koronaviruksia on paljon. Viimeisimmän EU COVID-19 portaalipäivityksen mukaan tunnetaan yli 50 000 koronavirusvarianttia, joilla on molekyylitasolla eroja keskenään. who.int/en/activities/… / covid19dataportal.org/phylogeny-tree EMBL-EBI

14/15 Elävän luonnon molekyylien kirjo on laajempi asia kuin koronavirusepidemia. Virustutkimuksessa on havaittu 5 348 579 eri toiminnallista molekyyliä, joista ainoastaan 17 039 on hyvin luokiteltu systemaattisella tavalla. Työn alla on 5 331 540. uniprot.org/taxonomy/10239

15/15 Uusia virus- ja bakteerityyppejä löytyy koko ajan merestä ja maaperästä. Koronavirus on osoittanut voivansa saada yhteiskunnat sekaisin. Siksi on tärkeää varautua tulevaan lisäämällä systemaattisesti ymmärrystä luonnosta molekyylitasolla. AvoinTiede ELIXIR Europe

How to organise your precious data? Learn how to leverage existing data services to get to the next level! Lessons are for everyone and have been derived from ELIXIR Europe CSC know-how. Aineistonhallinnan koulutus yhteistyössä: Case Oulu x CSC csc.fi/uutiset/-/asse…

CSC has signed the Federated EGA contract! This is an important step towards safe reuse of sensitive human data across borders. Read more: csc.fi/en/-/csc-has-s… EGA archive ELIXIRFinland ELIXIR Europe NeIC - Nordic e-Infrastructure Collaboration EMBL-EBI Centre for Genomic Regulation (CRG) NBIS Universitetet i Bergen